Der Vorstand kann bei Bedarf aufeine Reihe von Fachleuten zurückgreifen, die ihn beraten.
Vorsitzender ist Prof. Dr. Fritz Trillmich. Stellvertreter sind Dipl. Ing. Hans-Dieter Wiesemann (Landschaftsarchitekt und Ökologe) und Dipl. agr. Dirk Tornede (Landwirt).
Fachkompetenzen der Beiratsmitglieder liegen z.B. in den Gebieten Naturpädagogik, Geographie, Geologie und Wasser, Insektenkunde, Vogelkunde, Pflanzenkunde, Landespflege, Ökologie und Landschaftsgeschichte. Assoziiert sind Forstwirte und Juristen.
Der Wissenschaftliche Beirat tagt bei Bedarf zu aktuellen Fragen, die der Vorstand ihm zur Bearbeitung vorlegt. Dabei werden z. B. Schutzgebietsabgrenzungen, naturschutzfachliche Stellungnahmen oder Vorschläge zur Schadensabwehr bei wertvollen Biotoptypen erarbeitet.
Beispielhaft für die Arbeit des Wissenschaftlichen Beirats ist die Ausarbeitung einer Gebietskulisse für das potenzielle Nationalparkgebiet Senne-Egge/Teutoburger Wald, und die naturschutzfachliche Beratung zum Schutz der Senne, die half, den Ausbau der Kampfdörfer und Panzerstraßen im Truppenübungsplatz Senne erheblich zu begrenzen.
Je nach aktueller Fragestellung bemüht sich der Wissenschaftliche Beirat, Mitglieder mit entsprechender Expertise hinzuzuziehen. Hierzu gehören z.B.
Ulrich Kaminsky, Jens Jürgen Korff, Klaus Mai, Dr. Klaus Renner, Werner Schulze, Prof. Dr. Roland Sossinka, Dirk Tornede, Hans-Dieter Wiesemann, Egbert Worms, Dr. Burkhard Beinlich, Dr. Thomas Steinlein und Dr. Manfred Dümmer.