Schutzgebiete, die sich erst noch zu einem von Menschen unbeeinflussten Zustand entwickeln sollen, heißen „Entwicklungsnationalpark“. Ihr Ziel muss innerhalb von 30 Jahren erreichbar sein. Bei den meisten deutschen Nationalparken handelt es sich um Entwicklungsnationalparke.

Vorrangiges Ziel der Nationalparke ist, Natur wieder Natur sein zu lassen und auf großer Fläche einheimische Lebensgemeinschaften von Pflanzen und Tieren ohne lenkende Eingriffe des Menschen möglichst ungestört ihrer natürlichen Entwicklung zu überlassen (Prozessschutz). So kann sich eine Artenvielfalt wieder entwickeln, die in der intensiv genutzten Kulturlandschaft kaum eine Entfaltungschance hat (z.B. in Alters- und Zerfallsphasen von Wäldern).

Menschen können in diesen Gebieten echte Wildnis erleben, denn Nationalparke sollen ja auch der naturkundlichen Bildung, der Naturerfahrung und dem Naturerleben der Bevölkerung dienen. Aus diesem Grund haben in Deutschland die Menschen freien Zutritt zu allen Nationalparken.

Wissenschaftliche Umweltbeobachtung und Forschung ist in Nationalparken ein weiteres Ziel, denn Nationalparke sind Referenzflächen (Vergleichsflächen). Hier kann man Hinweise für eine nachhaltigere Forstwirtschaft erhalten, z. B. bei Klimaerwärmung. Da jeder Nationalpark den regionalen Gegebenheiten entsprechend anders und einmalig ist, können auch die Vergleichsstudien entsprechend ergiebig sein.

Wie groß ein Nationalpark sein soll, ist nicht rechtsverbindlich festgelegt. In Deutschland liegt die Größe zwischen 3.000 ha Landfläche (NP Jasmund auf Rügen) und 32.000 ha Landfläche (NP Müritz). In der Regel sollte ein Nationalpark aber nicht kleiner als 6.000 ha sein, damit sich Ökosysteme nach ihrer eigenen Dynamik erhalten und entwickeln können.

Das Gebiet eines Nationalparks ist in der Regel größer als die von menschlichen Eingriffen freie Prozessschutzfläche. Diese muss nach dem BNatSchG nur den „überwiegenden Teil“ des Gebiets ausmachen – also mindestens 51 Prozent. Abweichend hiervon legt die International Union for Conservation of Nature (IUCN) als internationalen Standard eine Mindestgröße von 75 % fest. Dieses Ziel soll, aber muss nach deutschem Recht nicht erreicht werden. In der übrigen Fläche werden in der Regel durch gezieltes Management (z. B. Beweidung durch Schafe) gefährdete Arten erhalten.

Für die Ausweisung eines besonders schutzwürdigen Gebiets als Nationalpark sind in Deutschland die Bundesländer zuständig. Regionale Initiativen können Anstöße geben und die Ausweisung vor Ort unterstützen, aber entscheidungsbefugt sind allein Landesregierung und Landtag, im Benehmen mit relevanten Bundesministerien. Entsprechend sind finanzielle Mittel für den Naturschutz in diesen Gebieten vom Land aufzubringen und nicht von den betroffenen Kreisen.